课题验收时，如果第三方检测结果不合格，应当采取以下措施：
1. **分析原因**：首先，需要对检测不合格的原因进行详细分析。这可能涉及到课题研究过程中的技术问题、操作失误、设备问题、环境因素等。分析原因有助于确定后续的改进措施。
2. **及时沟通**：与验收机构和项目管理专业机构进行及时沟通，了解具体的不合格项和验收标准，同时报告课题组的分析结果和初步整改计划。
3. **制定整改计划**：根据不合格的原因，制定详细的整改措施和计划。这可能包括技术改进、流程优化、设备维护、人员培训等。
4. **实施整改**：按照整改计划，采取有效措施进行整改。在整改过程中，应确保所有措施得到充分执行，并记录整改活动的详细情况。
5. **再次检测**：整改完成后，需要重新进行第三方检测，以验证整改措施的有效性。确保所有不合格项都已经得到妥善解决。
6. **提交补充材料**：如果整改后再次检测合格，应及时向验收机构提交补充材料，包括整改报告、新的检测报告等，以便进行最终验收。
7. **验收评审**：在整改和补充检测合格后，课题组应参与验收评审，详细说明整改过程和结果，以及采取的措施如何确保课题目标的实现。
8. **记录和归档**：无论最终结果如何，都应将整个不合格处理过程进行记录和归档，包括检测报告、沟通记录、整改计划和实施记录等，以备后续查阅和评估。
9. **总结经验**：课题组应从不合格的事件中总结经验教训，分析问题发生的根源，完善课题研究和管理流程，防止类似问题再次发生。
10. **遵守规定**：在整个处理过程中，应严格遵守科研项目管理的相关规定和标准，确保所有活动合法合规。
请注意，具体的处理流程和措施可能需要根据项目管理机构的具体要求和课题研究的实际情况进行调整。在处理不合格情况时，应保持积极的态度，主动解决问题，并与相关方保持良好的沟通。
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