改革和创新科研经费使用和管理方式，形成充满活力的科技管理和运行机制，更好激发广大科研人员积极性，是建设科技强国的必由之路。2016年，中办、国办印发了《关于进一步完善中央财政科研项目资金管理等政策的若干意见》，从科研经费预算调剂、经费比重、开支范围、科目设置等方面提出了一系列“松绑＋激励”的措施，下放管理权限；2019年，科技部在基础研究领域尝试“科研经费包干”，在基础研究定额补助项目等方面进行试点。一系列新政策、新规定的出台，使广大科研人员欢欣鼓舞，激发了全员的创新创造活力。
如果对比前后的文件，虽然激励在增加，权限在放松，流程在简化，但困扰科研人员的一个根本性问题并没有实质性的突破，那就是科研经费的法律属性问题。它是介于有法（规）可依和有法（规）必依之间的灰色地带，在没有明确界定的情况下，科研经费的滥用甚至犯罪现象，科研人员因经费使用而受牢狱之灾的风险，都会因站在不同立场上的人对政策的不同解读而发生。
比如，你理解的经费自由支配权，与他理解的国有财政专项拨款，适用的财务会计核算制度和审计要求不同；同样是科研取得创新成果，你认为是有功，应该鼓励，他认为你违法使用经费，应该判刑。当进行科研经费检查或审计的时候，一般科研人员的话语权往往弱于检查者或审计人员，对科研人员的不利处境可想而知。只有明确了科研经费的法律性质，才可以确定该项研究经费是适用于企业会计法、事业单位会计准则、还是科研经费会计条例。要知道，现行的科研经费检查和审计原则是与承担科研单位的性质相联系的，全额拨款事业单位（事业一类）、部分拨款事业单位（事业二类）、自收自支单位（事业二类）和企业，采用不同的经费检查和审计方法。
科技研发经费一般分为纵向经费（科学事业费、科技三项费用、政府科研基金类等）、横向经费（企事业单位委托的技术开发类、技术服务类、咨询服务类等）、国际合作经费和科研机构自筹经费。长期以来，由于科研经费的法律属性没有明确界定，相关部门对横向科研经费没有制定专门的管理办法，在经费管理制度缺失的情况下，不少单位把纵向经费和横向经费的管理“混同”。在“加强科研经费管理”、“防止国有资产流失和科研腐败”等语境下，财政、审计部门往往把横向科研经费纳入高校事业经费统一管理，采取和纵向科研经费同样的管理标准。将“横向”科研项目经费混同于科学事业费和科技三项费用专项拨款进行财务管理，不恰当地过多干预科研团队和科研人员对外开展科研活动的具体过程，抑制了科研人员的主动性和积极性，也影响了学校和机构支持对外开展科研活动的积极性。
因此必须要明确科研经费的法律属性，根据其性质实行分类管理：
第一，对于科研人员直接承担的国家纵向科研经费的管理没有什么疑义，必须严格按照国家主管部门制定的财政科研项目资金管理等政策进行监管和实施；对于科研人员直接承担的省市级纵向科研经费，必须严格按照省市主管部门制定的财政科研项目资金管理等政策进行监管和实施。
第二、对于科研人员通过“招标”承接的“横向”科研类项目，特别是签订了“四技服务合同”的，属于民事合同关系，主要依靠项目发包方或委托方依据合同监管。
第三、在横向经费与纵向经费的交叉地带，其“横向”委托研发经费也应该属于民事合同关系，应该由委托甲方进行监管。比如A高校承担国家的研究项目，同时它委托B高校承担其中一部分研究，在这个过程中，A高校应该接受纵向经费监管，而B高校则应该接受A高校的合同监管。
第四、国际合作经费和科研机构自筹经费也会存在交叉的问题，但应根据实际情况，主要适用于相关出资部门制定的管理规定。
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