高校预算管理中存在的主要问题：预算编制不够科学合理
预算编制需要统筹管理，预算执行各部门分解执行。这种流程环节存在一定的不合理之处。在实施中各管理部门编制预算人员认识度不高、责任心不强，各部门没有专人进行负责。
在实行全面预算管理的过程中，统筹总量预算和分部门预算存在困难。个别部门零基预算编制出现了很大的不确定性，导致在有限的时间内，预算依据不充分。整体施行中由于只注重业绩，未从整体的角度统筹资金使用，导致预算编制草率，缺乏编制依据。很多人认为预算编制是财务部门负责，业务部门执行，没有从根本上认识到预算编制的重要性。
各部门间的预算编制缺乏沟通，影响了预算编制质量，导致预算编制的准确性和可行性降低。预算管理的有效落实，需要各部门通力合作，采用自上而下和自下而上相结合的方式进行。在后期预算执行中，经常出现项目超支或者项目无预算，编制预算与实际执行项目不匹配，项目经费随意支出等情况。因此，为了避免经费浪费和分配不合理现象，加强预算管理顶层设计变得尤为重要。
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