内部审计的职能部门为审计部，审计部直接隶属公司董事会，由董事长直接领导，独立行使审计职权；同时，审计部作为董事会审计委员会的日常工作机构，对董事会审计委员会负责并报告工作。概括地说，审计部职责定位于董事会权利的延伸，主要负责拟定公司内部审计工作制度，开展对公司及其分、子公司财务收支、经营绩效、内部控制、负责人任期或定期经济责任、发生重大财务异常情况的专项经济责任、基建工程管理以及预、结算、经济合同的审计，并负责处理审计委员会的日常事务。
为加强内部控制，明确内部审计责任，规范合同审计程序，维护财经法纪，促进管理和防范风险，提高经济效益，公司制订了督察管理制度和《内部审计制度汇编》。内部审计制度分三个层次，第一层：制度类——《内部审计工作制度》，用以明确审计职责，规范全体审计工作。第二层：规范及管理办法类，包含《经济效益、经济责任审计管理办法》、《建设工程审计管理办法》、《采购业务审计管理办法》等3个制度，用以规范审计流程，以上两层均进入公司制度汇编；第三层：工作指南类，包含《外协、外包件价格审核标准》、《建设工程审计工作细则》、《经济合同审计工作细则》、《经济效益审计工作流程》、《经营目标审计工作细则》、《任期经济责任审计工作细则》、《生产与仓储作业审计工作细则》、《财务管理审计工作细则》、《物资采购作业审计工作细则》、《销售作业审计工作细则》、《内部审计工作保密细则》、《经营单元审计机构负责人管理办法》、《内部审计人员职业道德规范》、《审计人员激励考核实施细则》，《总部审计部新员工入职须知》共15个操作细则，主要用于规范和指导、管理和考核具体审计工作。
公司审计部，下设综合审计室、经济效益审计室、经济责任审计室及职能审计室等4个科室；分子公司设立审计部门或审计岗位，公司审计部对其业务进行指导，其审计部门负责人由公司总部派驻。目前公司审计系统共有审计人员98人，其中：财务审计人员48人、合同审计人员32人、基建审计人员18人。
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