良心教程:手把手教会利用STAMP软件分析物种功能差异结果(stamp分析方法)

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良心教程:手把手教会利用STAMP软件分析物种功能差异结果(stamp分析方法)

STAMP软件是一款可以分析微生物物种与功能组成及差异的可视化软件,适用于多种类型的组间差异分析,比如物种分布及丰度差异、基因差异、功能差异等等。利用STAMP软件可对物种功能富集结果进行PCA展示,并分析两两组之间的显著差异功能等。今天为大家整理了该软件的下载、安装及使用方法。

下图为该软件官网主页:

https://beikolab.cs.dal.ca/software/STAMP

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Step1:下载软件并安装

进入官网主页,点击Downloads-STAMP v2.1.3,进入下载界面下载后双击安装。

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Step2:打开软件

准备2个输入文件,点击File–Load data:样本的功能富集结果及样本分组情况:

(1) KEGG.txt:

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(2) Group.txt:

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Step3:开始分析

导入文件:

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第1个文件为功能富集结果,第2个文件为样本分组文件;

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!!!注:如果在导入文件的时候遇到以下Error,请检查文件名或路径是否有中文,改为全英文后再进行文件导入。

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Step4:结果

1)PCA plot:PCA分析结果,点击不同的plot可切换不同可视化方法。

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(2)Bar plot:绘制各样本的物种功能柱状图,快速查看各组数据分布的具体情况

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(3)Heatmap plot:各样本的物种功能热图

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(4)Extended error bar:分组差异图

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设置过滤条件,则可知输出显著差异的功能分类:

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