对行政事业单位进行审计监督是审计机关的主要职能，如何在新形势下履行好审计职责，深化对行政事业单位财政财务收支的审计，我们认为应注意把握好以下六个问题：
一是搞好审前调查，并与内控制度测评相结合。审前调查，是审计质量控制第一关，通过审前调查，初步了解被审计单位基本情况，如经济性质、机构设置、人员编制职责范围、内部控制和会计政策的执行情况等，再通过内控制度测评掌握其在财务管理上的失控点。
比如：是否执行不相容职务分离、财产物资管理是否有章可循等关键环节内控制度及其执行，合理确定重要性和评估审计风险，以便确定审计实施方案的范围、重点内容、审计方法和实施步骤，做到有的放矢。
二是严把收费审计关，审查其真实性、完整性、合法性。审计时要关注以下环节：一是审查收费项目审批权限是否合法，有无擅自设立收费项目或收取已取消的行政事业性收费等问题。二是审查收费入库管理及缴库级次是否正确。三是审查收费和基金是否及时足额缴库，有无隐瞒、截留、转移和坐收坐支预算资金等问题。四是检查其票据领用及缴销和库存情况，对于自制和购买的收费票据应采取详查法，进行延伸审计。
三是注重审查支出的合法性、效益性。行政事业单位实行严格的预算管理，国家对人员、房屋、车辆等编制及各项支出标准均有明确规定。审计时应注重审查其预算批复及预算执行情况，首先检查经费使用是否符合规定的用途和开支标准，有无挤占挪用、提高开支标准、扩大开支范围、挥霍浪费等问题。其次要审查经费开支是否真实，有无虚列支出，将资金转移下属单位进行支出的问题。最后还要审查其经费的使用效益情况，具体包括：经费使用是否达到了预期目的，即单位是否履行其法定职责，向社会提供了有效服务；经费使用是否节约合理，有无明显不当和损失浪费情况；检查开展业务活动所产生的经济效益。
四是审查资产的完整性。行政事业单位资产包括现金、银行存款、库存材料、其他应收款等流动资产和固定资产。一是对于现金、银行存款等货币性资产流动性较强，易发生错弊，应作为审计重点。主要包括：银行存款、现金的领用报销手续是否完善；银行开户是否合规，是否存在多头开户的问题；是否存在库存现金超限额，坐支现金，超出结算起点支付现金等违反《现金管理规定》的问题；核对银行存款余额，并对库存现金进行监督盘点。二是对其他实物性资产，应检查财务、资产管理和使用部门之间责任是否明确，职责分工能否确保证记录完整准确；新增资产是否及时登记入帐，是否存在购建资产作为支出核销，形成帐外资产的情况；资产领用、核销手续是否健全；是否建立了资产的清查盘点制度，保证帐帐相符，帐实相符；资产盘盈、盘亏的处理是否符合有关规定；资产的减少是否履行报批手续，转让计价有无合法依据，是否存在低价处理国有资产的问题；固定资产配备是否符合国家规定标准，有无擅自提高标准的问题；必要时，可根据需要对全部或部分实物性资产进行监督盘点。
五是加强对往来款的审计。行政事业单位往来款项目少、金额小，按照会计制度规定，年底应进行清理，一般无余额检查时常常不作重点。正因如此，有的单位就作起了文章。将上级单位拨入的项目资金、下级部门上缴的管理费、房租收入等收入记入往来款科目，造成截留挪用、隐瞒收入、逃避资金监督管理、偷逃税金等情况。有的单位将无法报销的费用列入往来，对收回无望款项及个人借款长期挂帐，造成单位当年支出不实。
六是加强对项目资金的审计。审计中应检查项目资金是否按规定用途使用，是否存在挤占挪用问题；项目资金是否按规定的标准使用，有无提高开支标准的问题。项目资金是否及时足额拨付到用款单位使用，有无截留或不及时拨付的问题。审计人员应根据项目资金的性质和管理要求以及单位具体情况，注意学习掌握与项目资金收支活动有关的法律、法规、政策和制度，了解其业务特点，做到具体情况具体分析。
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